南美白对虾肠道微生物宏基因组提取方法的比较

为获得高质量南美白对虾肠道微生物宏基因组模板，采用传统CTAB法、试剂盒和仪器法提取南美白对虾（PenaeusVanmamei，P.vannamei）肠道微生物宏基因组，通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法和V3区16SrDNA扩增检测所得基因组的完整性、得率、纯度和目的片段质量。结果表明3种方法提取得到的DNA结构均较完整，但得率和纯度差别较大，传统CTAB法提取的DNA得率和纯度均试剂盒和仪器法高，试剂盒和仪器法受糖和盐类污染较高，3种方法提取的宏基因组均可特异扩增出V3区保守片段。综合比较得知传统CTAB法提取P.Vanmamei肠道微生物基因组在完整性、得率和纯度方面优于其他两种方法，可为后续分子生物学分析提供良好基因组模板。