逆转座子序列插入——海湾扇贝过氧化物还原酶V 第1 内含子分析

根据海湾扇贝(Argopecten irradians)过氧化物还原酶V(AiPrxV)的cDNA序列和部分基因组DNA序列设计引物, 采用基因组步移方法扩增获得其第1内含子(I1)完整序列, 并通过Blast比对、DNAMAN 和RepFind搜索进行序列分析。AiPrxV I1 长8 565bp, 占AiPrxV 基因全长的68%, AT%显著高于GC%。在5 900～6 700bp的区域中包含了不完整的编码区, 经分析与文昌鱼、海胆的逆转录酶有极高的相似性, 其N端与多种动植物逆转座子的逆转录酶C端具有相似特征。此外, 发现AiPrxV I1中包含283个重复序列, 在3 500～4 000bp和6 800～7 200bp区域尤为密集。以上特点提示海湾扇贝过氧化物还原酶V第1内含子可能是由一个非长末端重复元件逆转座子(non-LTR retrotransposons)插入,逐渐演变而形成的。