SNP analysis of the fragments of three functional genes of the mushroom Lentinula edodes
香菇三个功能基因部分序列的单核苷酸多态性分析

以15个香菇栽培品种为材料，对尿嘧啶核苷酸-胞嘧啶核苷酸激酶基因（UMP-CMP kinase gene，uck1）、分裂原活化蛋白激酶基因（mitogen-activated protein kinase gene，mapk）和外切β-1,3葡聚糖酶基因（exo-β-1,3-glucanase-encoding gene，exg1）进行了部分序列的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）分析。结果表明，测序中出现的双峰，是菌丝双核体细胞中两细胞核之间的差异造成的。在采用uck1、mapk和exg1的3,126bp中，共发现48处多态性位点，发生频率为1/65bp，其中36个属于转换、12个为颠换。从群体发生频率上，38个属于超过10%的常见SNP，10个属于罕见SNP。不同基因的SNP发生频率不同，uck1、mapk和exg1的SNP发生频率分别为1.40%、0.82%和2.41%。外显子区SNP数量高于内含子，3个基因在外显子区域分布28个，内含子分布20个。外显子的28个SNP位点中，11个为错义突变，17个为同义突变。错义突变引起了编码氨基酸的改变。对SNP位点的聚类分析表明，15个栽培品种间存在的多态性位点在1–36之间，15个品种的SNP类型不同。uck1，mapk，exg1的SNP可用于香菇栽培品种的鉴别。