Analisis keragaman tanaman durian sukun (Durio zibethinus) berdasarkan penanda RAPD

Ruwaida IP, Yuniastuti E, Supriyadi. 2009. Analisis keragaman tanaman durian sukun (Durio zibethinus) berdasarkan penanda RAPD. Bioteknologi 6: 96-105. Tujuan penelitian adalah mengkaji keragaman durian varietas sukun, sunan, kani, monthong, dan petruk serta keragaman durian sukun yang ditanam pada wilayah yang berbeda berdasarkan penanda RAPD. Bahan penelitian berupa daun tanaman durian varietas sukun, sunan, kani, monthong dan petruk dari Kebun Benih Ranukutri Karanganyar; serta durian varietas sukun dari Gempolan Karanganyar, Jepara dan Salatiga. Selanjutnya dilakakukan analisis DNA terhadap sampel daun yang diawali dengan isolasi DNA, uji kuantitas dan kualitas DNA, seleksi primer, dan amplifikasi dengan PCR. Visualisasi hasil PCR dilakukan dengan elektroforesis menggunakan EtBr yang menghasilkan pita DNA. Pita DNA selanjutnya dianalisis dengan program NTSYS untuk mendapatkan keragaman durian antar varietas dan antar durian sukun dari wilayah yang berbeda. Primer yang digunakan adalah 6 primer polimorfik, yaitu OPA-01, OPA-02, OPA-07, OPA-16, OPA-18 dan OPA-19. Pola pita DNA hasil amplifikasi menunjukkan adanya keragaman antar varietas durian sukun, sunan, kani, monthong dan petruk serta menunjukkan keragaman durian sukun yang ditanam di wilayah yang berbeda. Dendrogram pengelompokkan menunjukkan lima varietas durian cenderung memisah, yaitu sukun, sunan, monthong dan petruk merupakan satu kelompok yang memisah dengan durian Kani. Dendrogram pengelompokkan durian sukun yang ditanam pada wilayah berbeda menghasilkan dua kelompok, yaitu kelompok durian sukun dari Gempolan Karanganyar dan Salatiga serta kelompok lainnya dari Kebun Benih Ranukutri Karanganyar dan Jepara.