刺梨转录组ssr信息分析及其分子标记开发

利用misa软件筛选刺梨（rosaroxburghiitratt）转录组测序获得的106590条unigene，共检测出21711个ssr位点，分布于18155条unigene中，出现频率为20.37%，平均分布距离为1.68kb。优势重复基序为三核苷酸、四核苷酸和二核苷酸，分别占总ssr位点的26.87%、26.77%和24.93%。ag/ct与aag/ctt分别是二核苷酸与三核苷酸的优势重复基元，分别占总ssr重复类型的17.80%和11.55%。以不同主导重复基元类型设计合成42对ssr引物，并以刺梨及其他蔷薇属种质的基因组dna为模板对其有效性及通用性进行初步验证，筛选出具有清晰扩增产物的引物23对，并且均在同属材料中通用。选取16份贵州刺梨资源对筛选出的引物进行多态性检测，获得12对具有多态性的引物。以上结果表明，刺梨转录组测序产生的unigene信息可作为开发ssr标记的有效来源，获得的大批量ssr标记可为刺梨及其近缘种的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择。