Cloning and sequence analysis of E0 gene of virulent classical swine fever virus isolates in Shaanxi Province in 2006-2007
2006—2007年陕西省古典猪瘟流行毒株E0基因的克隆及序列分析

根据GenBank上发表的古典猪瘟参考毒株Shimen毒株全基因组序列,设计并合成2对引物,采用巢式RT-PCR技术,从陕西省猪病料中成功扩增出9株猪瘟流行毒株E0全基因并测定其核苷酸序列,与已发表的ALD、Alfort187、Brescia、C HVRI、CAP、Shimen、GXWZ02和HCLV等代表毒株进行同源性比较分析.核苷酸分析表明:这9株猪瘟流行毒株可以分为2大群,1株(LN163)属于群 I,与Shimen强毒株、HCLV疫苗株和GXWZ02野毒株等代表株的同源性为80.8%～82.4%;另外8株属于群 II,毒株之间E0基因核苷酸序列的同源性为93.6%～99.6%.氨基酸序列分析表明:9株流行毒株中,群 I中的LN163毒株与我国野毒参照株GXWZ02的同源性只有83.9%,而其余8株与GXWZ02株氨基酸序列的同源性为94.4%～98.1%,形成明显不同的进化分支;同时这9株流行毒株与我国疫苗株HCLV和经典强毒株Shimen的氨基酸序列同源性分别为88.0%～89.5%和89.1%～91.8%,均呈现较明显的变异.