应用单核苷酸多态性(SNP)标记鉴定短颌鲚、湖鲚和刀鲚

为了快速区分长江流域各水体中的鲚属鱼类，利用单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism，SNP）标记对短颌鲚（Coilia brachygnathus）、湖鲚（C.nasus taihuensis）和刀鲚（C.nasus）进行物种鉴定。从120个在短颌鲚和刀鲚之间分化指数（Fst）为1的SNP位点中随机挑选出20个用于引物设计，从21个在湖鲚和刀鲚之间分化指数较高的SNP位点中随机挑选出10个设计引物。随机挑20尾短颌鲚、20尾湖鲚和12尾刀鲚用设计的引物扩增、测序。结果表明：洞庭湖和鄱阳湖的短颌鲚与刀鲚可以使用以上19个SNP分子标记中的任何一个完全分开，剩下1个SNP标记在所扩增的样本中没有发现多样性变异而被弃用。用于区分湖鲚与刀鲚的10个SNP分子标记中有8个在所测样本中可以扩增并用于物种鉴定。其中单独使用Ct-Cn_wtap位点时，湖鲚和刀鲚的基因频率相差最大，当使用Ct-Cn_wtap和Ct-Cn_eif2b4位点时，对湖鲚和刀鲚的鉴别准确率可以达到100%。本研究提供了稳定、高效和低成本识别短颌鲚和刀鲚、湖鲚和刀鲚的方法，为今后鲚属鱼类的物种鉴定和资源保护提供了有效的工具